मन्त्रालयबाट सम्पादन हुने कार्यको विभाजन देहाय बमोजिम हुनेछ ।
१ जलस्रोत र ऊर्जाको दिगो विकास, संरक्षण, उपयोग र पानीको बाँडफाँडसम्बन्धी नीति, कानून, मापदण्ड र नियमन;
२ जलस्रोत र ऊर्जा पूर्वाधार संरचना, निर्माणसम्बन्धी एकीकृत नीति, कानून, मापदण्ड र नियमन;
३ सिंचाइसम्बन्धी एकीकृत नीति, कानून, मापदण्ड र नियमन;
४ नदी बेसिन योजना र जल उपयोगसम्बन्धी गुरुयोजना र नियमन;
५जलस्रोत, ऊर्जा, सिंचाइ र भूमिगत जलस्रोतसम्बन्धी अध्ययन, अनुसन्धान र प्रविधि विकास;
६प्रमुख नदीहरुको बहाव क्षेत्र निर्धारण र सो क्षेत्रको जमीनको संरक्षण, व्यवस्थापन र उपयोगसम्बन्धी नीति, कानून, मापदण्ड र नियमन;
७ जलस्रोतसम्बन्धी वस्तु वा सेवा उपयोगको मापदण्ड र नियमन;
८जलस्रोत, ऊर्जा र सिंचाइ क्षेत्रसँग सम्बन्धित निकायहरुसँगको समन्वय;
९ संघीय र अन्तरप्रदेशस्तरमा सञ्चालन हुने जलस्रोत उपयोगका बहुउद्देश्यीय आयोजनाको पहिचान, अध्ययन, निर्माण र नियमन;
१० संघीय र अन्तरप्रादेशिक सिंचाइ र अन्तरप्रदेश जलउत्पन्न प्रकोप नियन्त्रण आयोजनाको पहिचान, अध्ययन, निर्माण र नियमन;
११ जलस्रोत, ऊर्जा र सिंचाइसम्बन्धी ठूला पूर्वाधार आयोजनाबाट विस्थापितहरुको पुनर्बास र पुनर्स्थापना;
१२ संघीय र अन्तरप्रदेश सिंचाइ प्रणालीको बाँध, जलाशय, अन्य संरचना, मूल नहरको सञ्चालन, मर्मत–सम्भार, व्यवस्थापनसम्बन्धी नीति, मापदण्ड र कार्यान्वयन;
१३ प्रदेश सीमा नदीको बाढी र नदी नियन्त्रण कार्यक्रम सञ्चालनमा समन्वय र सहयोग;
१४ जलस्रोत, ऊर्जा र सिंचाइसम्बन्धी तथ्याङ्क व्यवस्थापन, अध्ययन अनुसन्धान;
१५ राष्ट्रिय र अन्तर्राष्ट्रिय विद्युत प्रसारण लाइन तथा विस्तार;
१६राष्ट्रिय र अन्तर्राष्ट्रिय विद्युत व्यापारसम्बन्धी नीति, कानून, मापदण्ड, सन्धि–सम्झौता, कार्यान्वयन र नियमन;
१७ राष्ट्रिय महत्वका बहुउद्देश्यीय जल आयोजना र अन्तर जलाधार स्थानान्तरण;
१८ विद्युत सेवाको मापदण्ड, गुणस्तर र महसुलसम्बन्धी नीति र नियमन;
१९ विद्युत सेवाको राष्ट्रिय र क्षेत्रीय भार प्रणाली व्यवस्थापन र सञ्चालन;
२० नवीकरणीय र वैकल्पिक ऊर्जाको उपयोग, गुणस्तर र मापदण्ड;
२१ विद्युत विकासमा लगानी;
२२ जल तथा मौसम विज्ञान सेवासम्बन्धी नीति, कानून, मापदण्ड, तथ्याङ्क, योजना, कार्यान्वयन र नियमन;
२३ मौसम तथा बाढी पूर्वानुमान;
२४ विपद् पूर्व सूचना प्रणालीको विकास तथा सम्प्रेषण;
२५ जलवायुसम्बन्धी अध्ययन तथा अनुसन्धान, सूचना आदान प्रदान;
२६ जल तथा मौसमी राडार, रेडियोसोन्डे, चट्याङ नेटवर्क, सौर्य विकीरण केन्द्रहरुको व्यवस्थापन र सूचना प्रवाह;
२७ हिमनदी तथा हिमताल;
२८ मन्त्रालयसम्बन्धी राष्ट्रिय अन्तर्राष्ट्रिय संघसंस्थासँग सन्धि, सम्झौता, अभिसन्धि, सम्पर्क र समन्वय;
२९ मन्त्रालयसम्बन्धी सार्वजनिक संस्थान, प्राधिकरण, समिति, प्रतिष्ठान, कम्पनी आदिको सञ्चालन र नियमन;
३० नेपाल इन्जिनियरिङ्ग सेवाअन्तर्गत देहायका समूह, उपसमूहको सञ्चालनः–
(क) इलेक्ट्रिकल इन्जिनियरिङ्ग समूह;
(ख) मेकानिकल इन्जिनियरिङ्ग समूह;
(ग) मेटेरियोलजी समूह;
(घ) एगृ इरिगेशन इन्जिनियरिङ्ग समूह;
(ङ) सिभिल इन्जिनियरिङ्ग समूहको इरिगेशन, हाइड्रो–पावर र हाइड्रोलजी उपसमूह ।